• फेसबुक
  • लिंक्डइन
  • YouTube

1. आरएनए सोल्यूशनचे शोषण शोधा

280, 320, 230, आणि 260 nm चे शोषण अनुक्रमे न्यूक्लिक अॅसिड, पार्श्वभूमी (सोल्यूशन टर्बिडिटी), मीठ एकाग्रता आणि प्रथिने सारख्या सेंद्रिय पदार्थांची मूल्ये दर्शवते.साधारणपणे फक्त OD260/OD280 (गुणोत्तर, R) पहा.जेव्हा 1.8~2.0, तेव्हा आम्हाला वाटते की RNA मधील प्रथिने किंवा इतर सेंद्रिय पदार्थांचे प्रदूषण सहन केले जाऊ शकते, परंतु हे लक्षात घेतले पाहिजे की जेव्हा शोषण शोधण्यासाठी ट्रिसचा वापर बफर म्हणून केला जातो तेव्हा R चे मूल्य 2 पेक्षा जास्त असू शकते (सामान्यतः ते <2.2 असावे).जेव्हा R<1.8, तेव्हा द्रावणातील प्रथिने किंवा इतर सेंद्रिय पदार्थांचे प्रदूषण अधिक स्पष्ट होते आणि RNA चे भवितव्य गरजेनुसार ठरवता येते.जेव्हा R> 2.2, याचा अर्थ असा की RNA एकल न्यूक्लिक अॅसिडमध्ये हायड्रोलायझ केले गेले आहे.
 
2.आरएनएचा इलेक्ट्रोफोरेटिक नमुना
सामान्यतः, आरएनए इलेक्ट्रोफोरेसीससाठी डिनेचरिंग जेल वापरले जाते, परंतु जर ते केवळ आरएनएची गुणवत्ता शोधण्यासाठी असेल तर, डिनेचरिंग जेल आवश्यक नसते आणि सामान्य अॅग्रोज जेल वापरता येते.इलेक्ट्रोफोरेसीसचा उद्देश 28S आणि 18S बँडची अखंडता आणि त्यांचे गुणोत्तर किंवा mRNA स्मीअरची अखंडता शोधणे आहे.साधारणपणे, जर 28S आणि 18S बँड चमकदार, स्पष्ट आणि तीक्ष्ण आहेत (बँडच्या कडा स्पष्ट आहेत) आणि 28S ची चमक 18S बँडच्या दुप्पट असल्यास, आम्ही RNA ची गुणवत्ता चांगली असल्याचे समजतो.
वरील दोन पद्धती आहेत ज्या आपण सामान्यतः वापरतो, परंतु या दोन्ही पद्धतींपैकी कोणतेही RNA द्रावणामध्ये अवशिष्ट RNase आहे की नाही हे स्पष्टपणे सांगू शकत नाही.जर द्रावणात फारच कमी प्रमाणात RNase असेल तर, वरील पद्धतीद्वारे ते शोधणे आपल्यासाठी कठीण आहे, परंतु त्यानंतरच्या बहुतेक एन्झाईमॅटिक प्रतिक्रिया 37 अंशांपेक्षा जास्त आणि दीर्घ काळासाठी केल्या जातात.अशाप्रकारे, जर आरएनए सोल्युशनमध्ये फारच कमी प्रमाणात RNase असेल तर नंतरच्या प्रयोगांमध्ये त्यांची भूमिका बजावण्यासाठी अतिशय योग्य वातावरण आणि वेळ असेल आणि अर्थातच यावेळी प्रयोग थंड असेल.खाली आम्ही एक पद्धत सादर करतो जी RNA सोल्युशनमध्ये अवशिष्ट RNase आहे की नाही याची पुष्टी करू शकते.
 
3. उष्णता संरक्षण चाचणी
नमुना एकाग्रतेनुसार, RNA सोल्यूशनमधून दोन 1000 ng RNA काढा आणि ते 0.5 मिली सेंट्रीफ्यूज ट्यूबमध्ये जोडा, आणि pH 7.0 Tris बफरसह एकूण 10 ul च्या व्हॉल्यूममध्ये पूरक करा आणि नंतर ट्यूबची टोपी सील करा.त्यापैकी एकाला 70 डिग्री सेल्सिअस तापमानाच्या पाण्याच्या आंघोळीत ठेवा आणि 1 तास उबदार ठेवा.दुसरा भाग -20 डिग्री सेल्सिअस रेफ्रिजरेटरमध्ये 1 तासासाठी ठेवला होता.वेळ संपल्यावर, इलेक्ट्रोफोरेसीससाठी दोन नमुने काढा.इलेक्ट्रोफोरेसीस पूर्ण झाल्यानंतर, दोघांच्या इलेक्ट्रोफोरेटिक बँडची तुलना करा.जर दोघांचे बँड एकसमान असतील किंवा त्यांच्यात काही महत्त्वाचा फरक नसेल (अर्थातच, त्यांचे बँड देखील पद्धत 2 मधील अटी पूर्ण करतात), तर याचा अर्थ असा की RNA सोल्युशनमध्ये कोणतेही अवशिष्ट RNase प्रदूषण नाही आणि RNA ची गुणवत्ता खूप चांगली आहे.याउलट, जर 70°C वर उष्मायन केलेला नमुना स्पष्ट ऱ्हास दर्शवितो, तर हे सूचित करते की RNA द्रावणात RNase दूषितता आहे.
 
2 आरएनए काढण्यासाठी प्रायोगिक पद्धती आणि तंत्रे
आरएनए काढताना आपल्याला ज्या समस्या येतात त्या आहेत: (१) आरएनए उत्पन्न कमी आहे;(2) आरएनएमध्ये गंभीर मीठ प्रदूषण आहे;(३) आरएनएमध्ये गंभीर सेंद्रिय विलायक प्रदूषण आहे;(4) नमुना खराब होणे आणि इतर समस्या
 
1. सामान्यतः वापरले एकूण आरएनए निष्कर्षण अभिकर्मक
ग्वानिडाइन आयसोथिओसायनेट पद्धत आणि ट्रायझोल पद्धत प्राण्यांच्या ऊती आणि प्राण्यांच्या पेशींमधून एकूण आरएनए काढण्यासाठी सर्वात सामान्यपणे वापरल्या जाणार्‍या पद्धती आहेत.हे विशेषतः लहान नमुने आणि ऊतींसाठी योग्य आहे जे काढणे विशेषतः कठीण आहे, जसे की ससाच्या त्वचेपासून आणि प्राण्यांच्या संयोजी ऊतकांमधून एकूण आरएनए काढणे;याव्यतिरिक्त, ट्रायझोल, एक सामान्य-उद्देशीय लिसिस अभिकर्मक म्हणून, वनस्पतीच्या ऊती, जीवाणू, बुरशी आणि इतर उती काढण्यासाठी देखील वापरला जाऊ शकतो.कॅमेलिया ओलिफेरा, चहाची पाने, रेपसीड इत्यादी पॉलिसेकेराइड्स आणि पॉलिफेनॉल असलेल्या वनस्पतींच्या ऊतींसाठी, एकूण आरएनए काढण्यासाठी CTAB पद्धत देखील वापरली जाऊ शकते.

पारंपारिक पद्धत म्हणून, दुहेरी-स्तंभ पद्धत देखील तिच्या सामान्य तापमान ऑपरेशनमुळे खूप लोकप्रिय आहे, RNase जोडण्याची आवश्यकता नाही आणि सुरक्षितता - काढण्यासाठी क्लोरोफॉर्म, फिनॉल आणि इतर सेंद्रिय अभिकर्मक नाहीत.(शिफारस केलेली उत्पादने )

१
2

2. प्राण्यांच्या ऊतींमधून एकूण आरएनए काढणे
 
(१) ताजे टिश्यू निवडण्याचा प्रयत्न करा, जर ते ताजे नसेल (शक्यतो तीन महिन्यांच्या आत - 80 ℃ रेफ्रिजरेटर किंवा द्रव नायट्रोजनमध्ये गोठलेले. टिश्यू कापताना, खोलीच्या तपमानावर थेट कापू नका, ते बर्फाच्या पेटीवर ठेवण्याची खात्री करा, वारंवार गोठणे आणि वितळणे टाळण्याचा प्रयत्न करा.
(२) टिश्यूचा छोटा तुकडा कापण्यासाठी स्वच्छ कात्री आणि चिमटा वापरा, नमुना कापताना ऊतीचा मध्य भाग कापण्याचा प्रयत्न करा किंवा प्रथम ऊतीचा मोठा तुकडा मध्यभागी कापून घ्या आणि नंतर नवीन चीराच्या स्थितीत नमुना कापून घ्या.काढून टाकलेले ऊतक पूर्णपणे चिरले गेले पाहिजे, तुकडे केलेले ऊतक RNase शिवाय EP ट्यूबमध्ये ठेवा, लायसेट घाला, तुकडे केलेले ऊतक पूर्णपणे लाइसेटच्या संपर्कात असले पाहिजे आणि एकजिनसीपणाची तयारी करा.

(३) सामान्य उतींसाठी, एकजिनसीपणासाठी मूगाच्या आकाराच्या उती (३०-६० मिग्रॅ) निवडा.जर ऊतींमध्ये मोठ्या प्रमाणात प्रथिने, चरबी किंवा यकृतासारख्या दाट तंतुमय ऊती असतील तर कापलेल्या ऊतींचे प्रमाण योग्यरित्या वाढवा किंवा कमी करा (पर्यायी) 10-20 मिलीग्राम निवडा).
(४) माशांचे स्नायू, कोळंबीचे मांस, जेलीफिश आणि पाण्याचे प्रमाण जास्त असलेले इतर उती काढल्यास, नमुन्याचे प्रमाण योग्यरित्या वाढवले ​​पाहिजे (शिफारस केलेले 100-200 मिग्रॅ).
(५) परिस्थिती परवानगी दिल्यास, अशी कोणतीही उपकरणे नसल्यास, उच्च-पॅसेज टिश्यू होमोजेनायझरने एकसंध झाल्यानंतर प्राण्यांच्या ऊतींचे थेट काढले जाऊ शकते.
(6) RNA ची झीज कमी करण्यासाठी अंतिम उत्खननानंतर मिळालेला RNA ताबडतोब बर्फाच्या पेटीवर ठेवावा.

3. प्राणी सेल आरएनए निष्कर्षण

(1) निलंबन पेशी: थेट सेंट्रीफ्यूज करा आणि माध्यम टाकून द्या, 1-2 वेळा निर्जंतुक PBS ने धुवा, नंतर योग्य प्रमाणात PBS सह निलंबित करा आणि नंतर lysis साठी lysate घाला.द्रव पूर्णपणे टाकून दिल्यानंतर थेट प्रक्षेपित पेशींमध्ये लाइसेट जोडू नका.यामुळे बाहेरील थरावरील लाइस्ड पेशींनंतर प्रकाशीत होणारे हिस्टोन पॅकेज प्रक्षेपित पेशींच्या बाहेरील बाजूस चिकटून राहतील, ज्यामुळे गोळ्याच्या आत असलेल्या पेशींचा लाइसेटसह संपर्क मर्यादित होईल., परिणामी सेल लायसिस अपूर्ण होते आणि RNA उत्पन्न कमी होते.

(२) सेमी-अ‍ॅडेनेंट किंवा घट्ट चिकट नसलेल्या पेशी: माध्यम टाकून दिल्यानंतर, 1-2 वेळा PBS ने धुवा, नंतर योग्य प्रमाणात PBS शोषून घ्या आणि पेशी उडवण्यासाठी पिपेट किंवा बंदुकीने कल्चर डिश उडवा आणि RNA-मुक्त पेशींमध्ये हस्तांतरित करा.काढण्यासाठी एन्झाइमच्या EP ट्यूबमध्ये लाइसेट जोडा.

(३) चिकट पेशी: प्रथम ट्रिप्सिनसह पचणे आवश्यक आहे, नंतर RNase-मुक्त EP ट्यूबमध्ये गोळा करणे आवश्यक आहे, सुपरनेटंट काढून टाकण्यासाठी सेंट्रीफ्यूज करणे आवश्यक आहे, जास्त ट्रिप्सिन काढून टाकण्यासाठी PBS ने 1-2 वेळा धुवावे, आणि योग्य प्रमाणात PBS सह पुन्हा सुरू करा नंतर काढण्याच्या चरणावर जा.

4. वनस्पती आरएनए निष्कर्षण

वनस्पतीच्या ऊतींमध्ये फिनोलिक संयुगे समृद्ध असतात, किंवा पॉलिसेकेराइड्स समृद्ध असतात, किंवा काही अज्ञात दुय्यम चयापचय असतात, किंवा RNase ची उच्च क्रिया असते.सेल लिसिसनंतर हे पदार्थ RNA सोबत घट्ट जोडले जातात ज्यामुळे अघुलनशील कॉम्प्लेक्स किंवा कोलाइडल प्रिसिपिटेट्स तयार होतात, जे काढणे कठीण असते.म्हणून, जेव्हा आपण वनस्पतींचे ऊतक काढतो तेव्हा आपल्याला वनस्पतींसाठी एक किट निवडण्याची आवश्यकता असते.किटमधील लाइसेट पॉलीफेनॉलचे सहज ऑक्सिडेशन आणि पॉलिसेकेराइड संयुगे आणि न्यूक्लिक अॅसिड वेगळे करण्याच्या समस्या प्रभावीपणे सोडवू शकतात.

(पॉलीसेकेराइड पॉलीफेनॉल प्लांट आरएनए एक्सट्रॅक्शनसाठी, शिफारस केलेली उत्पादने:

(१) झाडाची साल, लगदा, बिया, पाने इत्यादि एका मोर्टारमध्ये पूर्णपणे ग्राउंड असले पाहिजेत.पीसण्याच्या प्रक्रियेदरम्यान, नमुना वितळू नये म्हणून द्रव नायट्रोजन वेळेत पुन्हा भरले पाहिजे.RNA ऱ्हास टाळण्यासाठी जमिनीचा नमुना पटकन लायसेटमध्ये जोडला जावा आणि हलवावा.

(2) तांदूळ आणि गव्हाच्या पानांसारख्या फायबर-समृद्ध नमुन्यांसाठी, निष्कर्षणाचे प्रमाण योग्यरित्या कमी केले पाहिजे, अन्यथा ऊतींचे पीसणे आणि लिसिस पूर्ण होणार नाही, परिणामी काढलेल्या आरएनएचे उत्पादन कमी होईल.

(३) डाळिंबाची फळे, टरबूज फळे, पीच फळ इ. पाण्याचे प्रमाण जास्त असलेल्या वनस्पतींच्या ऊतींसाठी, नमुन्याचा आकार योग्यरित्या वाढवला पाहिजे (100-200 मिग्रॅ ऐच्छिक आहे).

(4) वनस्पतीच्या ऊती, जसे की वनस्पतीची पाने, rhizomes, कठोर फळे आणि इतर साहित्य सामान्यत: द्रव नायट्रोजनचा वापर करून मोर्टारमधील घटक पूर्णपणे मोर्टार करण्यासाठी आणि नंतर काढण्याच्या टप्प्यावर जाण्याची शिफारस केली जाते.पारंपारिक टिश्यू होमोजेनायझर्स वनस्पतीच्या ऊतींचे एकसंधीकरण करण्यासाठी प्रभावी असू शकत नाहीत आणि सामान्यतः शिफारस केली जात नाही.

5. आरएनए काढण्यासाठी खबरदारी

(1) वारंवार गोठणे आणि वितळणे टाळण्यासाठी ऊतींचे नमुने शक्य तितके ताजे असावेत.

(२) काढताना ऊती पूर्णपणे जमिनीवर असावीत, आणि ऊतींचे प्रमाण खूप कमी नसावे, जास्त सोडू नये.

(३) नमुने पूर्णपणे लाइसेट करण्यासाठी लायसेट जोडल्यानंतर पुरेसा उष्मायन वेळ द्यावा.

(4) निष्कर्षणासाठी ट्रायझोल पद्धत वापरताना, स्तरीकरणानंतर सुपरनॅटंट शोषण्याचे तत्व "अधिक इनहेल करण्यापेक्षा कमी इनहेल करणे पसंत करा", आणि मधल्या थरापर्यंत काढू नये, अन्यथा यामुळे गंभीर जीनोमिक DNA दूषित होईल.

(५) धुताना, धुण्याचे द्रव पूर्णपणे नळीच्या भिंतीभोवती घुसले पाहिजे जेणेकरून पूर्णपणे धुवा.

(6) स्तंभ काढण्याच्या पद्धतीसाठी, धुतल्यानंतर स्तंभ वेगळे करण्याव्यतिरिक्त, शोषण स्तंभ देखील अल्ट्रा-क्लीन बेंचमध्ये ठेवावा आणि 5-10 मिनिटांसाठी फुंकला पाहिजे जेणेकरून सेंद्रिय सॉल्व्हेंट पूर्णपणे कोरडे होईल.

(७) स्तंभ पद्धतीच्या शेवटच्या उत्सर्जनाच्या वेळी, DEPC पाणी घातल्यानंतर, ते 3-5 मिनिटे उष्मायनात ठेवले पाहिजे किंवा DEPC पाणी 60°C पर्यंत गरम केले पाहिजे जेणेकरून उत्सर्जन उत्पादन वाढेल.पारंपारिक ट्रायझोल क्लीव्हेज आणि आयसोप्रोपॅनॉल पर्जन्य पद्धतीमध्ये, अंतिम आरएनए डीईपीसी पाण्यात विरघळला जातो, म्हणून विरघळण्यासाठी योग्य वेळ द्यावा, आणि सेंट्रीफ्यूज ट्यूबचा तळ सतत विंदुकाच्या टोकाने फुंकला गेला पाहिजे.

३ टीhree कमी आरएनए एकाग्रता/निकृष्ट दर्जाची कारणे आणि उपाय
 
1. उत्पादन खूप कमी आहे
काढलेला नमुना खूप कमी आहे, एकूण रक्कम अपुरी आहे, किंवा काढलेला नमुना खूप जास्त आहे आणि लिसिस पूर्ण नाही;योग्य गुणवत्तेचे ऊतक किंवा पेशी निष्कर्षणासाठी वापरल्या पाहिजेत, नमुन्याचे पूर्व-उपचार चांगले केले पाहिजेत आणि लिसिस पुरेसे असावे.
 
2. जीनोम अवशेष
ट्रायझोल पद्धतीने काढताना, लेयरिंगनंतर जेव्हा सुपरनॅटंट मधल्या थरात शोषले जाते, तेव्हा गंभीर जीनोम दूषित होते;लेयरिंग करताना मधल्या लेयरमध्ये शोषू नये म्हणून अतिरिक्त काळजी घेतली पाहिजे.काढण्यासाठी कॉलम पद्धत वापरली असल्यास, काढण्यासाठी DNase I असलेले किट निवडले जाऊ शकते.झिल्लीवर शोषलेले न्यूक्लिक अॅसिड थेट DNase I सह पचले जाते, ज्यामुळे DNA अवशेष मोठ्या प्रमाणात कमी होऊ शकतात.
 
3. आरएनए ऱ्हास
ते काढलेल्या नमुन्याचेच र्‍हास असू शकते, किंवा काढण्याच्या प्रक्रियेदरम्यान झालेली झीज असू शकते;शक्यतोवर, ताजे नमुने RNA काढण्यासाठी वापरावेत, आणि गोळा केलेले नमुने वेळेत द्रव नायट्रोजन किंवा -80°C रेफ्रिजरेटरमध्ये साठवले पाहिजेत आणि वारंवार गोठणे आणि वितळणे टाळले पाहिजे.RNA काढण्याच्या प्रक्रियेत RNase/DNase फ्री टिप्स, सेंट्रीफ्यूज ट्यूब आणि इतर साहित्य वापरावे.काढण्याची प्रक्रिया शक्य तितक्या जलद असावी.काढलेले आरएनए बर्फाच्या पेटीवर ठेवावे आणि वेळेत -80 वर साठवले पाहिजे.जर एक्सट्रॅक्ट केलेले आरएनए जेल इलेक्ट्रोफोरेसीसद्वारे शोधणे आवश्यक असेल, तर इलेक्ट्रोफोरेसीस काढल्यानंतर ताबडतोब केले पाहिजे आणि इलेक्ट्रोफोरेसीस बफर नवीन तयार केलेल्यासह बदलले पाहिजे.
 
4. मीठ आणि सेंद्रिय विलायक अवशेष
निष्कर्षण अभिकर्मकांमध्ये फिनॉल आणि ग्वानिडाइन क्षार असतात आणि वॉशिंग सोल्यूशनमध्ये इथेनॉल असते.काढण्याच्या प्रक्रियेदरम्यान, लाइसेट पूर्णपणे शोषले गेले नाही आणि टाकून दिले गेले नाही आणि वॉशिंग सोल्यूशन पूर्णपणे वाळवले गेले नाही.अवशिष्ट क्षार आणि सेंद्रिय सॉल्व्हेंट्स नंतरच्या रिव्हर्स ट्रान्सक्रिप्शन आणि पीसीआरसाठी हानिकारक असतात.निरोधाचे वेगवेगळे अंश, त्यामुळे निष्कर्षण प्रक्रियेदरम्यान टिश्यू लाइसेट पूर्णपणे काढून टाकले पाहिजे आणि धुणे पुरेसे असावे जेणेकरून नळीच्या आसपासच्या भिंती धुता येतील.याव्यतिरिक्त, ट्यूब रिकामी केली जाते आणि उडवणे ही एक आवश्यक पायरी आहे, ज्यामुळे सेंद्रिय पदार्थांचे अवशेष आणखी कमी होतील.
 
आरएनए काढण्याबद्दल अधिक माहितीसाठी, कृपया आमच्या वेबसाइटचे अनुसरण करा:
अधिक माहितीसाठी www.foreivd.com.

७

पोस्ट वेळ: डिसेंबर-०१-२०२२